Z celého daňového systému ČR bývá právě daň z přidané hodnoty označována za velmi složitou, nelogickou a nejméně oblíbenou nejen mezi samotnými podnikateli, ale i mezi účetními. Je to dáno tím, že obsahuje řadu speciálních pojmů, pravidel, výjimek, režimů a častých novelizací, ve kterých je velmi těžké se pro běžného člověka vyznat, natož pak je správně uplatňovat.
Stačí málo a každý běžný plátce poměrně rychle zabředne do problematiky osvobozených plnění, uplatňování správných sazeb daně na výstupu, režimu přenesení daňové povinnosti, intrakomunitárních plnění, uplatňování nároku na odpočet daně na vstupu, zvláštního režimu jednoho správního místa nebo problematiky kontrolního či souhrnného hlášení.